肛瘘主要症状是流脓，肛门湿痒，疼痛。流脓多少和炎症情况有关，急性炎症期流脓多，且常有臭味，由于瘘管弯曲，分支多，引流不畅，常有积脓。慢性期流脓少，时有时无，脓汁稀淡或呈米泔样分泌物。由于分泌物刺激，肛门瘙痒，潮湿不适，有时形成湿疹。一般不疼，如引流不畅，分泌物堵塞，或反复感染都可能引起疼痛或肛门灼痛，大便不适。炎症期全身症状表现为发冷发热。长期化脓的复杂肛瘘，可伴有贫血、消瘦、食欲不振。　　
    苏州东吴肛肠医生指出一般单纯性肛瘘只有一个内口和一个外口，这类较多见。若外口暂时封闭，局部引流不畅，则又逐渐发生红肿，再将形成脓肿，封闭的外口可再穿破或在其他处形成另一外口。如此反反复作，便病变范围扩大或有时造成几个外口，与内口相通，这种肛瘘称为复杂性肛瘘，即有一个内口与多个外口。但有人认为，复杂性肛瘘不应以外口的多少划分，而是指主要管道累及肛管直肠环或环以上者。虽然这种肛瘘只有一个外口及一个内口，但治疗比较复杂，故称为复杂性肛瘘。相反，有时肛瘘虽有多个外口，但治疗并不复杂。
    肛瘘有原发性内口、瘘管、支管和继发性外口。内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位。瘘管有直有弯，少数有分支。外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤外，由于原发病灶不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内、外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，故经久不愈。